Skip to Main Content
Table 1.

Top 10 pathways enriched in genes induced by the TCM-treated hMSCs for 30 d

PathwaysGenes induced in the MSC treated by TCM for 30 d
MAPK signaling pathway (P = 0.0001) BRAF DUSP6 RAC1 CACNG6 TP53 PPP3CB STMN1 DUSP14 DUSP5 JUND 
 JUN NFKB1 PAK2 IKBKB MKNK2 CDC25B NFKB2 RRAS2 CASP1 PDGFRB 
 PAK1 TGFB1 NRAS ATF4 HSPA8 MAP4K4 FOS FGFR1 RASA1 FAS 
 MAP3K4 HSPA9B CASP7 CRK GADD45A DAXX MAPK1 RPS6KA3   
Focal adhesion (P = 0.0148) BRAF RAC1 BIRC4 PPP1CC TNC COL6A3 JUN CAPN2 SPP1 VASP 
 ITGA3 PIK3R5 PAK2 COL6A1 ITGB3 BCL2 COL5A3 PPP1CA TLN2 CCND2 
 RRAS2 PDGFRB PAK1 PDGFC ITGB7 PXN NRAS COL6A2 VEGF DIAPH1 
 GRLF1 FYN CRK PAK3 ITGA7 LAMB1 ITGA2 ITGAV MAPK1 IBSP 
Cell cycle (P = 0.0148) MCM6 PTTG1 TP53 CDKN1A CCNB1 MAD2L2 ANAPC1 PCNA MDM2 ANAPC7 
 CDC25B CCND2 CDK6 TGFB1 CCNH BUB3 PRKDC CDK4 YWHAQ BUB1B 
 CDC23 MCM2 CDC2 SMAD3 CDC16 GADD45A CDC27 RBL1 ORC5L YWHAZ 
 SMAD4 YWHAB MCM3 HDAC2       
Regulation of actin cytoskeleton (P = 0.0001) LIMK1 BDKRB1 BDKRB2 BRAF SSH1 RAC1 NCKAP1 PPP1CC ITGA3 PIK3R5 
 ARPC5 PFN1 PAK2 ITGB3 PPP1CA IQGAP3 RRAS2 TIAM1 CFL1 PDGFRB 
 PAK1 ABI2 ITGB7 PXN NRAS DIAPH1 FGFR1 BAIAP2 GRLF1 GSN 
 CRK PAK3 CSK WASL ITGA7 ITGA2 ITGAV ARPC2 GNA13 MAPK1 
Cytokine-cytokine receptor interaction (P = 0.0148) ACVR1 BMPR2 CCL2 IL18R1 TNFSF9 IL6ST PRLR ACVR2A TNFRSF12A IL1RAP 
 PDGFRB CCL7 LIF TGFB1 PDGFC CLCF1 TNFRSF10B TNFRSF10A CD40 VEGF 
 FAS CSF1 TNFSF15 TNFRSF10D TNFSF4 TNFSF18     
Wnt signaling pathway (P = 0.0391) FZD9 FZD8 DAAM2 RAC1 WNT2 TP53 CSNK2A1 CSNK2B PPP3CB CSNK1A1 
 PSEN1 NFAT5 WNT5A JUN CCND2 TBL1XR1 CSNK1E FZD3 PLCB1 DKK2 
 SMAD3 PPP2CA RUVBL1 WNT8B CACYBP SMAD4     
Axon guidance (P = 0.10337) LIMK1 CDK5 LRRC4C RAC1 PLXNA2 PLXNA1 PPP3CB NFAT5 ABLIM1 SEMA4F 
 PAK2 RRAS2 CFL1 PAK1 NRAS GNAI3 RASA1 FYN PAK3 UNC5B 
 NRP1 SEMA3A MAPK1        
Apoptosis (P = 0.0011) DFFA IRAK3 PDCD8 BIRC4 TP53 RIPK1 CYCS PPP3CB CAPN2 PIK3R5 
 NFKB1 IKBKB BCL2 NFKB2 IL1RAP TNFRSF10B TNFRSF10A FAS CASP7 TNFRSF10D 
 PRKAR2A          
Insulin signaling pathway (P = 0.00116) PRKAG2 PRKAB1 FRAP1 EXOC7 PPP1CC CALM2 PIK3R5 IKBKB SOCS6 RPS6 
 MKNK2 PPP1CA PCK2 RRAS2 NRAS CALM1 PKM2 IRS4 PYGB IRS1 
 CRK EIF4EBP1 MAPK1 PRKAR2A       
Gap junction (P = 0.0230) TUBB2C ITPR2 CSNK1A1 ADCY3 RRAS2 PDGFRB PDGFC CSNK1E TUBA6 PLCB1 
 GNAI3 CDC2 GNAS CSNK1G1 GUCY1B3 MAPK1 TUBB    
PathwaysGenes induced in the MSC treated by TCM for 30 d
MAPK signaling pathway (P = 0.0001) BRAF DUSP6 RAC1 CACNG6 TP53 PPP3CB STMN1 DUSP14 DUSP5 JUND 
 JUN NFKB1 PAK2 IKBKB MKNK2 CDC25B NFKB2 RRAS2 CASP1 PDGFRB 
 PAK1 TGFB1 NRAS ATF4 HSPA8 MAP4K4 FOS FGFR1 RASA1 FAS 
 MAP3K4 HSPA9B CASP7 CRK GADD45A DAXX MAPK1 RPS6KA3   
Focal adhesion (P = 0.0148) BRAF RAC1 BIRC4 PPP1CC TNC COL6A3 JUN CAPN2 SPP1 VASP 
 ITGA3 PIK3R5 PAK2 COL6A1 ITGB3 BCL2 COL5A3 PPP1CA TLN2 CCND2 
 RRAS2 PDGFRB PAK1 PDGFC ITGB7 PXN NRAS COL6A2 VEGF DIAPH1 
 GRLF1 FYN CRK PAK3 ITGA7 LAMB1 ITGA2 ITGAV MAPK1 IBSP 
Cell cycle (P = 0.0148) MCM6 PTTG1 TP53 CDKN1A CCNB1 MAD2L2 ANAPC1 PCNA MDM2 ANAPC7 
 CDC25B CCND2 CDK6 TGFB1 CCNH BUB3 PRKDC CDK4 YWHAQ BUB1B 
 CDC23 MCM2 CDC2 SMAD3 CDC16 GADD45A CDC27 RBL1 ORC5L YWHAZ 
 SMAD4 YWHAB MCM3 HDAC2       
Regulation of actin cytoskeleton (P = 0.0001) LIMK1 BDKRB1 BDKRB2 BRAF SSH1 RAC1 NCKAP1 PPP1CC ITGA3 PIK3R5 
 ARPC5 PFN1 PAK2 ITGB3 PPP1CA IQGAP3 RRAS2 TIAM1 CFL1 PDGFRB 
 PAK1 ABI2 ITGB7 PXN NRAS DIAPH1 FGFR1 BAIAP2 GRLF1 GSN 
 CRK PAK3 CSK WASL ITGA7 ITGA2 ITGAV ARPC2 GNA13 MAPK1 
Cytokine-cytokine receptor interaction (P = 0.0148) ACVR1 BMPR2 CCL2 IL18R1 TNFSF9 IL6ST PRLR ACVR2A TNFRSF12A IL1RAP 
 PDGFRB CCL7 LIF TGFB1 PDGFC CLCF1 TNFRSF10B TNFRSF10A CD40 VEGF 
 FAS CSF1 TNFSF15 TNFRSF10D TNFSF4 TNFSF18     
Wnt signaling pathway (P = 0.0391) FZD9 FZD8 DAAM2 RAC1 WNT2 TP53 CSNK2A1 CSNK2B PPP3CB CSNK1A1 
 PSEN1 NFAT5 WNT5A JUN CCND2 TBL1XR1 CSNK1E FZD3 PLCB1 DKK2 
 SMAD3 PPP2CA RUVBL1 WNT8B CACYBP SMAD4     
Axon guidance (P = 0.10337) LIMK1 CDK5 LRRC4C RAC1 PLXNA2 PLXNA1 PPP3CB NFAT5 ABLIM1 SEMA4F 
 PAK2 RRAS2 CFL1 PAK1 NRAS GNAI3 RASA1 FYN PAK3 UNC5B 
 NRP1 SEMA3A MAPK1        
Apoptosis (P = 0.0011) DFFA IRAK3 PDCD8 BIRC4 TP53 RIPK1 CYCS PPP3CB CAPN2 PIK3R5 
 NFKB1 IKBKB BCL2 NFKB2 IL1RAP TNFRSF10B TNFRSF10A FAS CASP7 TNFRSF10D 
 PRKAR2A          
Insulin signaling pathway (P = 0.00116) PRKAG2 PRKAB1 FRAP1 EXOC7 PPP1CC CALM2 PIK3R5 IKBKB SOCS6 RPS6 
 MKNK2 PPP1CA PCK2 RRAS2 NRAS CALM1 PKM2 IRS4 PYGB IRS1 
 CRK EIF4EBP1 MAPK1 PRKAR2A       
Gap junction (P = 0.0230) TUBB2C ITPR2 CSNK1A1 ADCY3 RRAS2 PDGFRB PDGFC CSNK1E TUBA6 PLCB1 
 GNAI3 CDC2 GNAS CSNK1G1 GUCY1B3 MAPK1 TUBB    

NOTE: Each of these pathways contains >75% induced genes. Among other enriched pathways, containing between 40% and 75% induced genes: ECM-receptor interaction, antigen processing and presentation, calcium signaling pathway, adherens junction, JAK-STAT signaling pathway, Toll-like receptor signaling pathway, and TGF-β signaling pathway.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal