Skip to Main Content
Table 5.

Comparison of observed and expected frequencies in two genotype infections

Pattern of coinfectionOverall, observed (expected)Overall [O-E]*HIV (−) Observed (expected)HIV (−) [O-E]*HIV (+) Observed (expected)HIV (+) [O-E]*≤25 years Observed (expected)≤25 [O-E]*>25 years observed (expected)>25 [O-E]*
A3-A3 0 (0.43) 0.43 0 (0.17) 0.17 0 (0.29) 0.29 0 (0.11) 0.11 0 (0.32) 0.32 
A5-A5 1 (0.40) 0.60 1 (0.21) 0.79 0 (0.15) 0.15 1 (0.78) 0.78 0 (0.16) 0.16 
A6-A6 2 (1.04) 0.96 1 (0.44) 0.56 1 (0.65) 0.35 1 (0.42) 0.58 1 (0.56) 0.44 
A7-A7 6 (4.63) 1.37 5 (2.95) 2.05 1 (1.64) 0.64 4 (2.44) 1.56 2 (2.15) 0.15 
A9-A9 14 (12.68) 1.31 12 (9.58) 2.42 2 (4.24) 2.24 11 (8.00) 3.00 3 (5.04) 2.04 
A10-A10 0 (0.27) 0.27 0 (0.12) 0.12 0 (0.15) 0.15 0 (0.09) 0.09 0 (0.15) 0.15 
A3-A5 2 (1.80) 0.20 0 (0.89) 0.89 2 (0.91) 1.09 0 (0.69) 0.69 2 (1.03) 0.97 
A3-A6 3 (2.56) 0.44 0 (1.0) 1.00 3 (1.81) 1.19 0 (0.78) 0.78 3 (1.81) 1.19 
A3-A7 2 (4.70) 2.70 1 (2.3) 1.3 1 (2.45) 1.45 0 (1.69) 1.69 2 (2.92) 0.92 
A3-A9 6 (7.79) 1.79 3 (4.15) 1.15 3 (3.80) 0.80 0 (3.08) 3.08 6 (4.41) 1.59 
A3-A10 1 (1.28) 0.28 0 (0.54) 0.54 1 (0.81) 0.19 0 (0.39) 0.39 1 (0.89) 0.11 
A5-A6 1 (2.45) 1.45 0 (1.27) 1.27 1 (1.17) 0.17 1 (1.18) 0.18 0 (1.24) 1.24 
A5-A7 6 (4.50) 1.50 4 (2.90) 1.10 2 (1.58) 0.42 4 (2.54) 1.46 2 (2.0) 0.00 
A5-A9 10 (7.45) 2.55 9 (5.25) 3.75 1 (2.45) 1.45 8 (4.62) 3.37 2 (3.01) 1.01 
A5-A10 0 (1.23) 1.23 0 (0.68) 0.68 0 (0.52) 0.52 0 (0.59) 0.59 0 (0.61) 0.61 
A6-A7 8 (6.40) 1.60 3 (3.29) 0.29 5 (3.16) 1.83 3 (2.87) 0.13 5 (3.50) 1.50 
A6-A9 7 (10.60) 3.60 4 (5.94) 1.94 3 (4.90) 1.90 4 (5.24) 1.24 3 (5.27) 2.27 
A6-A10 6 (1.75) 4.25 3 (0.77) 2.23 3 (1.05) 1.95 0 (0.67) 0.67 6 (1.06) 4.93 
A7-A9 22 (19.48) 2.52 14 (13.54) 0.46 8 (6.62) 1.37 12 (11.25) 0.74 10 (8.5) 1.5 
A7-A10 1 (3.20) 2.20 0 (1.76) 1.76 1 (1.42) 0.42 1 (1.43) 0.43 0 (1.71) 1.71 
A9-A10 2 (5.30) 3.30 1 (3.18) 2.18 1 (2.20) 1.20 1 (2.62) 1.62 1 (2.58) 1.58 
Total 100 (100)  61 (61)  39 (39)  51 (51)  49 (49)  
Deviation score  34.56  26.61  19.80  23.21  24.41 
Exact P  0.29  0.23  0.72  0.33  0.29 
Pattern of coinfectionOverall, observed (expected)Overall [O-E]*HIV (−) Observed (expected)HIV (−) [O-E]*HIV (+) Observed (expected)HIV (+) [O-E]*≤25 years Observed (expected)≤25 [O-E]*>25 years observed (expected)>25 [O-E]*
A3-A3 0 (0.43) 0.43 0 (0.17) 0.17 0 (0.29) 0.29 0 (0.11) 0.11 0 (0.32) 0.32 
A5-A5 1 (0.40) 0.60 1 (0.21) 0.79 0 (0.15) 0.15 1 (0.78) 0.78 0 (0.16) 0.16 
A6-A6 2 (1.04) 0.96 1 (0.44) 0.56 1 (0.65) 0.35 1 (0.42) 0.58 1 (0.56) 0.44 
A7-A7 6 (4.63) 1.37 5 (2.95) 2.05 1 (1.64) 0.64 4 (2.44) 1.56 2 (2.15) 0.15 
A9-A9 14 (12.68) 1.31 12 (9.58) 2.42 2 (4.24) 2.24 11 (8.00) 3.00 3 (5.04) 2.04 
A10-A10 0 (0.27) 0.27 0 (0.12) 0.12 0 (0.15) 0.15 0 (0.09) 0.09 0 (0.15) 0.15 
A3-A5 2 (1.80) 0.20 0 (0.89) 0.89 2 (0.91) 1.09 0 (0.69) 0.69 2 (1.03) 0.97 
A3-A6 3 (2.56) 0.44 0 (1.0) 1.00 3 (1.81) 1.19 0 (0.78) 0.78 3 (1.81) 1.19 
A3-A7 2 (4.70) 2.70 1 (2.3) 1.3 1 (2.45) 1.45 0 (1.69) 1.69 2 (2.92) 0.92 
A3-A9 6 (7.79) 1.79 3 (4.15) 1.15 3 (3.80) 0.80 0 (3.08) 3.08 6 (4.41) 1.59 
A3-A10 1 (1.28) 0.28 0 (0.54) 0.54 1 (0.81) 0.19 0 (0.39) 0.39 1 (0.89) 0.11 
A5-A6 1 (2.45) 1.45 0 (1.27) 1.27 1 (1.17) 0.17 1 (1.18) 0.18 0 (1.24) 1.24 
A5-A7 6 (4.50) 1.50 4 (2.90) 1.10 2 (1.58) 0.42 4 (2.54) 1.46 2 (2.0) 0.00 
A5-A9 10 (7.45) 2.55 9 (5.25) 3.75 1 (2.45) 1.45 8 (4.62) 3.37 2 (3.01) 1.01 
A5-A10 0 (1.23) 1.23 0 (0.68) 0.68 0 (0.52) 0.52 0 (0.59) 0.59 0 (0.61) 0.61 
A6-A7 8 (6.40) 1.60 3 (3.29) 0.29 5 (3.16) 1.83 3 (2.87) 0.13 5 (3.50) 1.50 
A6-A9 7 (10.60) 3.60 4 (5.94) 1.94 3 (4.90) 1.90 4 (5.24) 1.24 3 (5.27) 2.27 
A6-A10 6 (1.75) 4.25 3 (0.77) 2.23 3 (1.05) 1.95 0 (0.67) 0.67 6 (1.06) 4.93 
A7-A9 22 (19.48) 2.52 14 (13.54) 0.46 8 (6.62) 1.37 12 (11.25) 0.74 10 (8.5) 1.5 
A7-A10 1 (3.20) 2.20 0 (1.76) 1.76 1 (1.42) 0.42 1 (1.43) 0.43 0 (1.71) 1.71 
A9-A10 2 (5.30) 3.30 1 (3.18) 2.18 1 (2.20) 1.20 1 (2.62) 1.62 1 (2.58) 1.58 
Total 100 (100)  61 (61)  39 (39)  51 (51)  49 (49)  
Deviation score  34.56  26.61  19.80  23.21  24.41 
Exact P  0.29  0.23  0.72  0.33  0.29 
*

Absolute difference between observed and expected frequencies.

Exact P calculated from 10,000 Monte Carlo simulations.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal