In this article (Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2011;20:1078–88), which was published in the June 2011 issue of Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention (1), all the negative values in the “loge posterior odds” column of Table 2 were incorrectly typeset as positive values. The correct table is shown below. The publisher regrets the error.

Table 2.

Table of variant-specific summaries: variant name (column 1), prior classification (column 2), posterior probability that the variant is protein damaging (column 3), and natural logarithm of the posterior odds in favor of the variant being protein damaging (column 4)

VariantClassificationPosterior probability damagingloge posterior oddsa
5673insC Pathogenicb 1.0000  
del17/18 Pathogenic 1.0000  
W1837X Pathogenic 1.0000  
WT Neutralc 0.0000  
Y1853X Pathogenic 1.0000  
A1669S VUS 0.0625 −2.71 
A1708E VUS 1.0000 17.67 
A1752P VUS 1.0000 18.02 
A1823T VUS 0.9999 8.89 
A1830T VUS 0.0015 −6.53 
C1697R VUS 0.9999 9.50 
D1546N VUS 0.0015 −6.51 
D1692N VUS 0.0948 −2.26 
E1644G VUS 0.0016 −6.45 
E1794D VUS 0.0013 −6.62 
F1662S VUS0.0001d 0.0017 −6.40 
F1695L VUS 0.0013 −6.63 
G1706A VUS 1.0000 11.85 
G1706E VUS0.999e 1.0000 16.61 
G1738E VUS 0.9952 5.34 
G1738R VUS0.99f 1.0000 17.39 
G1788D VUS 0.0147 −4.21 
G1788V VUS 1.0000 17.80 
H1402Y VUS 0.0032 −5.73 
H1421Y VUS 0.0017 −6.37 
H1746N VUS 0.0231 −3.74 
I1766S VUS 1.0000 16.01 
K1487R VUS 0.0045 −5.39 
K1847R VUS 0.0025 −5.98 
L1407P VUS 0.4052 −0.38 
L1564P VUS 0.0058 −5.14 
L1664P VUS 0.0017 −6.38 
L1764P VUS0.99 1.0000 16.85 
L1844R VUS 0.0013 −6.62 
M1628T VUS 0.0031 −5.77 
M1628V VUS 0.0031 −5.78 
M1628V+S1613G VUS 0.0026 −5.97 
M1652I VUS 0.0013 −6.63 
M1689R VUS 1.0000 16.00 
M1775K VUS 1.0000 13.37 
M1775R VUS0.99 1.0000 17.24 
M1783L VUS 0.0013 −6.63 
M1783T VUS 0.0346 −3.33 
P1614S VUS0.0001 0.0011 −6.82 
P1771L VUS 0.0066 −5.01 
P1806A VUS 0.0016 −6.45 
P1812A VUS 0.0050 −5.29 
P1859R VUS0.0001 0.0013 −6.64 
Q1785H VUS 0.0012 −6.77 
Q1826H VUS 0.0031 −5.77 
R1443G VUS 0.0223 −3.78 
R1495M VUS 0.0019 −6.24 
R1699L VUS 1.0000 17.50 
R1699Q VUS 0.9987 6.65 
R1699W VUS 0.8795 1.99 
R1726G VUS 0.0013 −6.66 
R1751P VUS 1.0000 17.54 
R1751Q VUS0.0001 0.0022 −6.11 
R1753T VUS 1.0000 17.57 
R1835Q VUS 0.0021 −6.15 
S1512I VUS0.0001 0.0013 −6.62 
S1613C VUS 0.0012 −6.69 
S1613G VUS0.0001 0.0009 −7.03 
S1655F VUS 0.9995 7.56 
S1715N VUS 0.9994 7.49 
S1715R VUS 0.9997 8.16 
T1685I VUS0.99 1.0000 18.59 
T1700A VUS 0.4291 −0.29 
T1720A VUS0.0001 0.0014 −6.59 
V1534M VUS0.0001 0.0011 −6.81 
V1665M VUS 0.0263 −3.61 
V1688del VUS0.99 0.9995 7.60 
V1713A VUS 1.0000 14.52 
V1736A VUS 0.9998 8.69 
V1741G VUS 0.7891 1.32 
V1804D VUS0.0001 0.0057 −5.17 
V1809F VUS 1.0000 17.74 
V1833M VUS 0.0017 −6.36 
W1837R VUS 1.0000 16.96 
WTdelta14 VUS 0.0013 −6.67 
WTdelta14+S1616G VUS 0.0012 −6.74 
VariantClassificationPosterior probability damagingloge posterior oddsa
5673insC Pathogenicb 1.0000  
del17/18 Pathogenic 1.0000  
W1837X Pathogenic 1.0000  
WT Neutralc 0.0000  
Y1853X Pathogenic 1.0000  
A1669S VUS 0.0625 −2.71 
A1708E VUS 1.0000 17.67 
A1752P VUS 1.0000 18.02 
A1823T VUS 0.9999 8.89 
A1830T VUS 0.0015 −6.53 
C1697R VUS 0.9999 9.50 
D1546N VUS 0.0015 −6.51 
D1692N VUS 0.0948 −2.26 
E1644G VUS 0.0016 −6.45 
E1794D VUS 0.0013 −6.62 
F1662S VUS0.0001d 0.0017 −6.40 
F1695L VUS 0.0013 −6.63 
G1706A VUS 1.0000 11.85 
G1706E VUS0.999e 1.0000 16.61 
G1738E VUS 0.9952 5.34 
G1738R VUS0.99f 1.0000 17.39 
G1788D VUS 0.0147 −4.21 
G1788V VUS 1.0000 17.80 
H1402Y VUS 0.0032 −5.73 
H1421Y VUS 0.0017 −6.37 
H1746N VUS 0.0231 −3.74 
I1766S VUS 1.0000 16.01 
K1487R VUS 0.0045 −5.39 
K1847R VUS 0.0025 −5.98 
L1407P VUS 0.4052 −0.38 
L1564P VUS 0.0058 −5.14 
L1664P VUS 0.0017 −6.38 
L1764P VUS0.99 1.0000 16.85 
L1844R VUS 0.0013 −6.62 
M1628T VUS 0.0031 −5.77 
M1628V VUS 0.0031 −5.78 
M1628V+S1613G VUS 0.0026 −5.97 
M1652I VUS 0.0013 −6.63 
M1689R VUS 1.0000 16.00 
M1775K VUS 1.0000 13.37 
M1775R VUS0.99 1.0000 17.24 
M1783L VUS 0.0013 −6.63 
M1783T VUS 0.0346 −3.33 
P1614S VUS0.0001 0.0011 −6.82 
P1771L VUS 0.0066 −5.01 
P1806A VUS 0.0016 −6.45 
P1812A VUS 0.0050 −5.29 
P1859R VUS0.0001 0.0013 −6.64 
Q1785H VUS 0.0012 −6.77 
Q1826H VUS 0.0031 −5.77 
R1443G VUS 0.0223 −3.78 
R1495M VUS 0.0019 −6.24 
R1699L VUS 1.0000 17.50 
R1699Q VUS 0.9987 6.65 
R1699W VUS 0.8795 1.99 
R1726G VUS 0.0013 −6.66 
R1751P VUS 1.0000 17.54 
R1751Q VUS0.0001 0.0022 −6.11 
R1753T VUS 1.0000 17.57 
R1835Q VUS 0.0021 −6.15 
S1512I VUS0.0001 0.0013 −6.62 
S1613C VUS 0.0012 −6.69 
S1613G VUS0.0001 0.0009 −7.03 
S1655F VUS 0.9995 7.56 
S1715N VUS 0.9994 7.49 
S1715R VUS 0.9997 8.16 
T1685I VUS0.99 1.0000 18.59 
T1700A VUS 0.4291 −0.29 
T1720A VUS0.0001 0.0014 −6.59 
V1534M VUS0.0001 0.0011 −6.81 
V1665M VUS 0.0263 −3.61 
V1688del VUS0.99 0.9995 7.60 
V1713A VUS 1.0000 14.52 
V1736A VUS 0.9998 8.69 
V1741G VUS 0.7891 1.32 
V1804D VUS0.0001 0.0057 −5.17 
V1809F VUS 1.0000 17.74 
V1833M VUS 0.0017 −6.36 
W1837R VUS 1.0000 16.96 
WTdelta14 VUS 0.0013 −6.67 
WTdelta14+S1616G VUS 0.0012 −6.74 

aThe posterior odds are equivalent to the Bayes Factor, Pr(Data|Damaging)/Pr(Data|Benign), because the prior distribution is uniform, and could be combined in this form with other conditionally independent data types.

bKnown pathogenic variant (“negative control”).

cWild–type, known benign variant (“positive control”).

dVariant of unknown significance (VUS) previously classified as neutral with an estimated posterior probability of pathogenicity less than 0.0001, but blinded for purposes of model evaluation.

eVUS previously classified as pathogenic with an estimated posterior probability greater than 0.999, but blinded for purposes of model evaluation.

fVUS previously classified as pathogenic with an estimated posterior probability of between 0.99 and 0.999, but blinded for purposes of model evaluation.

View Large
1.
Iversen
 
ES
 Jr,
Couch
 
FJ
,
Goldgar
 
DE
,
Tavtigian
 
SV
,
Monteiro
 
ANA
. 
A computational method to classify variants of uncertain significance using functional assay data with application to BRCA1
.
Cancer Epidemiol Biomarkers Prev
 
2011
;
20
:
1078
–
88
.
Google Scholar
Crossref
Search ADS
PubMed
 
View Original Article
©2013 American Association for Cancer Research.
2013